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明朝万历三十一年十一月的一天早上，内阁大学士朱庚刚一起床，仆人就告诉他，不知道晚上谁在大门口丢了一个三页纸的小册子，拿来给他过目，朱庚拿过来一看，是一篇以对话方式写成的小短文《续忧危竑议》，以某人和一个名叫郑福成的人对皇帝立太子朱常洛的指指点点，并说皇帝这么快提拨朱庚进入内阁，其实就是暗示说太子做不成久，庚的音“更”，朱庚就是要即将更换朱家太子的意思。
朱庚大吃一惊，让仆人到街上一探，发现京城里这种小册子已经一夜之间满城飞，赶紧回家写了一个折子给明神宗皇帝，为自己辩解。
同时，锦衣卫总管陈矩也把这个小册子呈送到了皇帝案头，万历皇帝看过以后勃然大怒，让锦衣卫马上调查，严惩不贷，一时间满城风雨，人心惶惶。
第二次万历妖书案正式案发，这篇小作文里，不仅说了郑贵妃，朱庚，还牵涉到了内阁首辅沈一贯，说他明着反对郑贵妃的儿子成为太子，实际上是郑贵妃一伙的，沈一贯大为震惊，一方面和朱庚一样为自己辩解，并在家闭门谢客不上朝不处理政务等方式以证清白摆脱嫌疑，同时给皇帝上书，劝解皇帝不要扩大打击范围，不要动用刑罚。
万历皇帝一方面安慰太子，以示储位稳固，一方面让锦衣卫加紧行动，限期把妖书作者捉拿归案。
沈一贯在家休息了两天，突然觉得不大对劲，内阁三位成员，除了自己这个内阁首辅以外，大学士次辅朱庚也在家躲着规避嫌疑，内阁中只剩下东林党的死对头沈鲤主持大局。
身为浙党领袖人物的沈一贯发现自己犯了一个政治错误，在这节骨眼上，难保东林党不会利用这个妖书案对自己一方不利，自己不在朝中很有可能给了对手一个制造事端的机会。
可是自己已经躲在家里了，不好亲自出面，沈一贯就召开浙党会议，制订了两个方针政策，一个是借机打击东林党，祸水东引，首要打击的对象就是东林党首要领导沈鲤和礼部右侍郎郭正域。
第二，要摆脱自己一方的嫌疑，因为同知胡化上书说，是训导阮明卿制作的妖书，虽然阮明卿是个小人物，可是他是浙党重要人物给事中钱梦皋的女婿，这重身份难免让人往沈一贯为首的浙党身上去想。
于是给事中钱梦皋上书给万历皇帝反咬一口，说内阁沈鲤和礼部右侍郎郭正域有制作妖书的重大嫌疑，郭正域是沈鲤的门生，更是告发阮明卿的胡化的同乡，郭正域正因为伪楚王案准备离开京师，结果妖书案发，在上船时被锦衣卫赶上抓捕。
万历皇帝让巡城御史康丕扬去沈鲤府第搜查，结果把名僧达观，医生沈令誉等人堵在沈府里，达观大师因为常年奔走呼吁取消矿税让许多即得利益者愤恨，被这些人协私报复，冤死于狱中。
为了向万历皇帝交差，查出真相，锦衣卫，三法司，东厂等对医生沈令誉进行了严刑拷打，并把他身边的人都叫过来问话。
严酷的刑罚之下，沈令誉身边的人纷纷供认，这本妖书就是这个江湖郎中所写的，锦衣卫总管陈矩一听，差事终于有所交待了，组织了三衙会审，沈令誉家的女佣的女儿年方十岁，对官差说她亲眼所见制作妖书。
陈矩就让人把这小女孩带上公堂，问她印刷妖书的雕版可曾见过，小女孩说亲眼所见，堆满了整整一屋子。
这话让陈矩听后也笑出声来，只有三百字的妖书，何用这满满一屋子的雕版，明显是假话。
刑部都察院等眼见审问不下去了，只好把这条线索给否决了。
这个时候又有人说，锦衣卫头领周嘉庆与妖书有关，结果调查之下，纯属诬告报复。
之前向万历皇帝打报告的胡化也承认，上梳报告浙党阮明卿是制作妖书一事也是公报私仇，并不是真相，沈一贯指示审讯胡化的官员对胡化说，如果你指认东林党郭正域是主谋，可以帮你脱罪，胡化却坚持说，阮明卿是我的仇人，我诬陷他理所应当，郭正域虽然是我同乡，可是我们二十年没见面也没有通过信了，怎么可能知道是不是他制作的妖书呢？
对郭正域的审讯也持续了五天，太子朱常洛知道了，郭正域当过太子的老师，太子就故意对身边的近侍说，看来是有人要暗害我身边的好官啊！这话故意让人传出去，太子是未来当皇帝的人，别人听了会怎么想。
朱常洛还不放心，专门派人去传话给锦衣卫总管陈矩，让他悠着点，陈矩明事理，加上并没有实证，郭正域才捡回一命。
妖书案一日不破，京城人就人心惶惶，锦衣卫抓到一名叫做皦生彩的可疑人，皦生彩为了戴罪立功，揭发说妖书案其实是兄长皦生光所为。
皦生光因事被发配边关，自己偷跑了回来，加上他一向以刊印书籍夹带私货，借机向别人敲诈为业，有作案前科，锦衣卫如获至宝，把皦生光带到公堂会审。
